大足石刻的系统科学保护始于二十世纪五十年代，保护工作历经六十余年，其保护维修遵守“不改变原状”的文物保护基本原则，坚持“保护为主、抢救第一、合理利用、加强管理”的文物工作方针，采取传统的工程手段与现代科学技术手段相结合的方式进行。其科学保护始终坚持最小干预原则，使用的材料尽量具有可逆性，以降低对石刻的损伤。
五十多年的保护工作可分为两个阶段： 1952～1966年为抢救性保护阶段。这一时期主要进行了如下方面的工作。一是对当时公布的“五山”摩崖造像等13处文物保护单位的自然环境、历史、现状及存在问题作了调查，并对各造像区的龛窟进行登记、编号，划出保护范围，竖立保护单位标志，成立群众文物保护小组等；二是开展抢救性的维修保护工程计22项。
1977年至今为有计划的保护阶段。1977年至今共进行维修保护工程160余项，并采用现代科学技术手段，以传统工艺、材料为主，同时辅以新工艺、新材料进行保护研究，成效显著。主要开展了造像岩体抢险加固、防风化治理、水害治理、监测与科学研究、数字化及环境整治等工程项目。